Rainer Johannsen studierte zunächst Blockflöte bei Jèrome Minis in Maastricht und Walter van Hauwein in Amsterdam. Anschließend studierte er historische Fagotte bei Michael McCraw in Köln und bei Lorenzo Alpert am Konservatorium in Genf.
Er arbeitet als freischaffender Musiker und war von 1996 bis zu deren Auflösung 2006 Solofagottist bei Musica Antiqua Köln. Er spielt in renommierten Ensembles wie La Petite Bande, Al Ayre Español, dem Amsterdam Baroque Orchestra, The Bach Ensemble, Concerto Köln oder dem Orchester Wiener Akademie unter Dirigenten wie Ton Koopman, Joshua Rifkin oder Sigiswald Kuijken.
Seine Konzerttätigkeit führte ihn durch Europa sowie mehrfach nach Nord- und Mittelamerika und Asien. Er konzertierte u.a. bei den Salzburger Festspielen, im Wiener Musikverein, in der Tonhalle Zürich, in der Carnegie Hall und im Lincoln Center in New York, in der Berliner Philharmonie oder im Concertgebouw in Amsterdam, aber auch in Mexico und Tokyo.
Als Ensemblemitglied und Solist wirkte er bei CD-, Rundfunk-, Fernseh- und Filmproduktionen mit. Ferner unterrichtete er in Meisterkursen an der UNAM (Nationale Autonome Universität) in Mexiko, bei der Austria Barock Akademie und bei den Innsbrucker Festwochen der Alten Musik.
